Finish mm format file reader
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d355c4bbdb
commit
d267a6d550
GPG Key ID:
2574BA29B90D6DD5
1
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vendored
1
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vendored
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exe-*
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300
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Normal file
300
data/matrix_band_klein.mtx
Normal file
@ -0,0 +1,300 @@
|
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%%MatrixMarket matrix coordinate real general
|
||||
100 100 298
|
||||
1 1 2
|
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2 2 3
|
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3 3 3
|
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4 4 3
|
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5 5 3
|
||||
6 6 3
|
||||
7 7 3
|
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8 8 3
|
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9 9 3
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
24 24 3
|
||||
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|
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|
||||
27 27 3
|
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28 28 3
|
||||
29 29 3
|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
||||
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|
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|
||||
49 49 3
|
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|
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|
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|
||||
53 53 3
|
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|
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55 55 3
|
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56 56 3
|
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57 57 3
|
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58 58 3
|
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|
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60 60 3
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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67 67 3
|
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|
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|
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|
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71 71 3
|
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72 72 3
|
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|
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74 74 3
|
||||
75 75 3
|
||||
76 76 3
|
||||
77 77 3
|
||||
78 78 3
|
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|
||||
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|
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81 81 3
|
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82 82 3
|
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|
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|
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85 85 3
|
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86 86 3
|
||||
87 87 3
|
||||
88 88 3
|
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89 89 3
|
||||
90 90 3
|
||||
91 91 3
|
||||
92 92 3
|
||||
93 93 3
|
||||
94 94 3
|
||||
95 95 3
|
||||
96 96 3
|
||||
97 97 3
|
||||
98 98 3
|
||||
99 99 3
|
||||
100 100 2
|
||||
1 2 -1
|
||||
2 3 -1
|
||||
3 4 -1
|
||||
4 5 -1
|
||||
5 6 -1
|
||||
6 7 -1
|
||||
7 8 -1
|
||||
8 9 -1
|
||||
9 10 -1
|
||||
10 11 -1
|
||||
11 12 -1
|
||||
12 13 -1
|
||||
13 14 -1
|
||||
14 15 -1
|
||||
15 16 -1
|
||||
16 17 -1
|
||||
17 18 -1
|
||||
18 19 -1
|
||||
19 20 -1
|
||||
20 21 -1
|
||||
21 22 -1
|
||||
22 23 -1
|
||||
23 24 -1
|
||||
24 25 -1
|
||||
25 26 -1
|
||||
26 27 -1
|
||||
27 28 -1
|
||||
28 29 -1
|
||||
29 30 -1
|
||||
30 31 -1
|
||||
31 32 -1
|
||||
32 33 -1
|
||||
33 34 -1
|
||||
34 35 -1
|
||||
35 36 -1
|
||||
36 37 -1
|
||||
37 38 -1
|
||||
38 39 -1
|
||||
39 40 -1
|
||||
40 41 -1
|
||||
41 42 -1
|
||||
42 43 -1
|
||||
43 44 -1
|
||||
44 45 -1
|
||||
45 46 -1
|
||||
46 47 -1
|
||||
47 48 -1
|
||||
48 49 -1
|
||||
49 50 -1
|
||||
50 51 -1
|
||||
51 52 -1
|
||||
52 53 -1
|
||||
53 54 -1
|
||||
54 55 -1
|
||||
55 56 -1
|
||||
56 57 -1
|
||||
57 58 -1
|
||||
58 59 -1
|
||||
59 60 -1
|
||||
60 61 -1
|
||||
61 62 -1
|
||||
62 63 -1
|
||||
63 64 -1
|
||||
64 65 -1
|
||||
65 66 -1
|
||||
66 67 -1
|
||||
67 68 -1
|
||||
68 69 -1
|
||||
69 70 -1
|
||||
70 71 -1
|
||||
71 72 -1
|
||||
72 73 -1
|
||||
73 74 -1
|
||||
74 75 -1
|
||||
75 76 -1
|
||||
76 77 -1
|
||||
77 78 -1
|
||||
78 79 -1
|
||||
79 80 -1
|
||||
80 81 -1
|
||||
81 82 -1
|
||||
82 83 -1
|
||||
83 84 -1
|
||||
84 85 -1
|
||||
85 86 -1
|
||||
86 87 -1
|
||||
87 88 -1
|
||||
88 89 -1
|
||||
89 90 -1
|
||||
90 91 -1
|
||||
91 92 -1
|
||||
92 93 -1
|
||||
93 94 -1
|
||||
94 95 -1
|
||||
95 96 -1
|
||||
96 97 -1
|
||||
97 98 -1
|
||||
98 99 -1
|
||||
99 100 -1
|
||||
2 1 -1
|
||||
3 2 -1
|
||||
4 3 -1
|
||||
5 4 -1
|
||||
6 5 -1
|
||||
7 6 -1
|
||||
8 7 -1
|
||||
9 8 -1
|
||||
10 9 -1
|
||||
11 10 -1
|
||||
12 11 -1
|
||||
13 12 -1
|
||||
14 13 -1
|
||||
15 14 -1
|
||||
16 15 -1
|
||||
17 16 -1
|
||||
18 17 -1
|
||||
19 18 -1
|
||||
20 19 -1
|
||||
21 20 -1
|
||||
22 21 -1
|
||||
23 22 -1
|
||||
24 23 -1
|
||||
25 24 -1
|
||||
26 25 -1
|
||||
27 26 -1
|
||||
28 27 -1
|
||||
29 28 -1
|
||||
30 29 -1
|
||||
31 30 -1
|
||||
32 31 -1
|
||||
33 32 -1
|
||||
34 33 -1
|
||||
35 34 -1
|
||||
36 35 -1
|
||||
37 36 -1
|
||||
38 37 -1
|
||||
39 38 -1
|
||||
40 39 -1
|
||||
41 40 -1
|
||||
42 41 -1
|
||||
43 42 -1
|
||||
44 43 -1
|
||||
45 44 -1
|
||||
46 45 -1
|
||||
47 46 -1
|
||||
48 47 -1
|
||||
49 48 -1
|
||||
50 49 -1
|
||||
51 50 -1
|
||||
52 51 -1
|
||||
53 52 -1
|
||||
54 53 -1
|
||||
55 54 -1
|
||||
56 55 -1
|
||||
57 56 -1
|
||||
58 57 -1
|
||||
59 58 -1
|
||||
60 59 -1
|
||||
61 60 -1
|
||||
62 61 -1
|
||||
63 62 -1
|
||||
64 63 -1
|
||||
65 64 -1
|
||||
66 65 -1
|
||||
67 66 -1
|
||||
68 67 -1
|
||||
69 68 -1
|
||||
70 69 -1
|
||||
71 70 -1
|
||||
72 71 -1
|
||||
73 72 -1
|
||||
74 73 -1
|
||||
75 74 -1
|
||||
76 75 -1
|
||||
77 76 -1
|
||||
78 77 -1
|
||||
79 78 -1
|
||||
80 79 -1
|
||||
81 80 -1
|
||||
82 81 -1
|
||||
83 82 -1
|
||||
84 83 -1
|
||||
85 84 -1
|
||||
86 85 -1
|
||||
87 86 -1
|
||||
88 87 -1
|
||||
89 88 -1
|
||||
90 89 -1
|
||||
91 90 -1
|
||||
92 91 -1
|
||||
93 92 -1
|
||||
94 93 -1
|
||||
95 94 -1
|
||||
96 95 -1
|
||||
97 96 -1
|
||||
98 97 -1
|
||||
99 98 -1
|
||||
100 99 -1
|
||||
52
src/main.c
52
src/main.c
@ -7,67 +7,42 @@
|
||||
#include <unistd.h>
|
||||
|
||||
#include "comm.h"
|
||||
#include "matrix.h"
|
||||
#include "progress.h"
|
||||
#include "solver.h"
|
||||
#include "timing.h"
|
||||
|
||||
static FILE* initResidualWriter()
|
||||
{
|
||||
FILE* fp;
|
||||
fp = fopen("residual.dat", "w");
|
||||
|
||||
if (fp == NULL) {
|
||||
printf("Error!\n");
|
||||
exit(EXIT_FAILURE);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return fp;
|
||||
}
|
||||
|
||||
static void writeResidual(FILE* fp, double ts, double res)
|
||||
{
|
||||
fprintf(fp, "%f, %f\n", ts, res);
|
||||
}
|
||||
|
||||
int main(int argc, char** argv)
|
||||
{
|
||||
int rank;
|
||||
double timeStart, timeStop;
|
||||
Parameter p;
|
||||
Matrix m;
|
||||
Solver s;
|
||||
|
||||
commInit(s.comm, argc, argv);
|
||||
initParameter(&p);
|
||||
// commInit(s.comm, argc, argv);
|
||||
|
||||
FILE* fp;
|
||||
if (commIsMaster(s.comm)) fp = initResidualWriter();
|
||||
// FILE* fp;
|
||||
// if (commIsMaster(s.comm)) fp = initResidualWriter();
|
||||
|
||||
if (argc != 2) {
|
||||
printf("Usage: %s <configFile>\n", argv[0]);
|
||||
exit(EXIT_SUCCESS);
|
||||
}
|
||||
|
||||
readParameter(&p, argv[1]);
|
||||
commPartition(s.comm, p.jmax, p.imax);
|
||||
if (commIsMaster(s.comm)) {
|
||||
printParameter(&p);
|
||||
}
|
||||
matrixRead(&m, argv[1]);
|
||||
matrixDump(&m);
|
||||
exit(EXIT_SUCCESS);
|
||||
|
||||
initSolver(&s, &p);
|
||||
// #ifndef VERBOSE
|
||||
// initProgress(s.te);
|
||||
// #endif
|
||||
|
||||
double te = p.te;
|
||||
double te = 1000;
|
||||
double t = 0.0;
|
||||
double res = 0.0;
|
||||
|
||||
timeStart = getTimeStamp();
|
||||
while (t <= te) {
|
||||
|
||||
if (commIsMaster(s.comm)) writeResidual(fp, t, res);
|
||||
// if (commIsMaster(s.comm)) writeResidual(fp, t, res);
|
||||
|
||||
t += p.dt;
|
||||
t += 0.5;
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
if (commIsMaster(s.comm)) {
|
||||
@ -78,13 +53,10 @@ int main(int argc, char** argv)
|
||||
#endif
|
||||
}
|
||||
timeStop = getTimeStamp();
|
||||
#ifndef VERBOSE
|
||||
stopProgress();
|
||||
#endif
|
||||
if (commIsMaster(s.comm)) {
|
||||
printf("Solution took %.2fs\n", timeStop - timeStart);
|
||||
}
|
||||
if (commIsMaster(s.comm)) fclose(fp);
|
||||
// if (commIsMaster(s.comm)) fclose(fp);
|
||||
commFinalize(s.comm);
|
||||
return EXIT_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
58
src/matrix.c
58
src/matrix.c
@ -31,7 +31,6 @@ static inline int compareRow(const void* a, const void* b)
|
||||
|
||||
void matrixRead(Matrix* m, char* filename)
|
||||
{
|
||||
int ret_code;
|
||||
MM_typecode matcode;
|
||||
FILE* f;
|
||||
int M, N, nz;
|
||||
@ -81,6 +80,8 @@ void matrixRead(Matrix* m, char* filename)
|
||||
exit(EXIT_FAILURE);
|
||||
}
|
||||
|
||||
printf("Read matrix %s with %d non zeroes and %d rows", filename, nz, M);
|
||||
|
||||
m->nr = M;
|
||||
m->nnz = nz;
|
||||
Entry* mm;
|
||||
@ -121,10 +122,59 @@ void matrixRead(Matrix* m, char* filename)
|
||||
}
|
||||
|
||||
fclose(f);
|
||||
size_t mms = cursor;
|
||||
|
||||
// sort by column
|
||||
qsort(mm, cursor, sizeof(Entry), compareColumn);
|
||||
|
||||
qsort(mm, mms, sizeof(Entry), compareColumn);
|
||||
// sort by row
|
||||
qsort(mm, cursor, sizeof(Entry), compareRow);
|
||||
qsort(mm, mms, sizeof(Entry), compareRow);
|
||||
|
||||
m->rowPtr = (CG_UINT*)allocate(64, (m->nr + 1) * sizeof(CG_UINT));
|
||||
m->colInd = (CG_UINT*)allocate(64, m->nnz * sizeof(CG_UINT));
|
||||
m->val = (CG_FLOAT*)allocate(64, m->nnz * sizeof(CG_FLOAT));
|
||||
|
||||
int* valsPerRow = (int*)allocate(64, m->nr * sizeof(int));
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < m->nr; i++) {
|
||||
valsPerRow[i] = 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < mms; i++) {
|
||||
valsPerRow[mm[i].row]++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
int* offsets = (int*)allocate(64, (m->nr + 1) * sizeof(int));
|
||||
m->rowPtr[0] = 0;
|
||||
|
||||
// convert to CRS format
|
||||
for (int rowID = 0; rowID < m->nr; rowID++) {
|
||||
|
||||
m->rowPtr[rowID + 1] = m->rowPtr[rowID] + valsPerRow[rowID];
|
||||
|
||||
// loop over all elements in Row
|
||||
for (int id = m->rowPtr[rowID]; id < m->rowPtr[rowID + 1]; id++) {
|
||||
m->val[id] = (CG_UINT)mm[id].val;
|
||||
m->colInd[id] = (CG_FLOAT)mm[id].col;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
void matrixDump(Matrix* m)
|
||||
{
|
||||
CG_UINT numRows = m->nr;
|
||||
CG_UINT* rowPtr = m->rowPtr;
|
||||
CG_UINT* colInd = m->colInd;
|
||||
CG_FLOAT* val = m->val;
|
||||
|
||||
printf("Matrix: %lld non zeroes, number of rows %lld\n", numRows, m->nnz);
|
||||
|
||||
for (int rowID = 0; rowID < numRows; rowID++) {
|
||||
printf("Row [%d]: ", rowID);
|
||||
|
||||
for (size_t rowEntry = rowPtr[rowID]; rowEntry < rowPtr[rowID + 1]; rowEntry++) {
|
||||
printf("[%lld]:%.2f ", colInd[rowEntry], val[rowEntry]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
printf("\n");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -20,5 +20,6 @@ typedef struct {
|
||||
} Matrix;
|
||||
|
||||
extern void matrixRead(Matrix* m, char* filename);
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extern void matrixDump(Matrix* m);
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#endif // __MATRIX_H_
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||||
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28
src/solver.c
Normal file
28
src/solver.c
Normal file
@ -0,0 +1,28 @@
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/* Copyright (C) NHR@FAU, University Erlangen-Nuremberg.
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* All rights reserved.
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* Use of this source code is governed by a MIT-style
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* license that can be found in the LICENSE file.*/
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#include <stdlib.h>
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#include "matrix.h"
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||||
#include "solver.h"
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||||
#include "util.h"
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void spMVM(Matrix* m, double* x, double* y)
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{
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CG_UINT numRows = m->nr;
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||||
CG_UINT* rowPtr = m->rowPtr;
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||||
CG_UINT* colInd = m->colInd;
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||||
CG_FLOAT* val = m->val;
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||||
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||||
for (size_t rowID = 0; rowID < numRows; rowID++) {
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||||
CG_FLOAT tmp = y[rowID];
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||||
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||||
// loop over all elements in row
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||||
for (size_t rowEntry = rowPtr[rowID]; rowEntry < rowPtr[rowID + 1]; rowEntry++) {
|
||||
tmp += val[rowEntry] * x[colInd[rowEntry]];
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||||
}
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||||
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||||
y[rowID] = tmp;
|
||||
}
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||||
}
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16
src/solver.h
16
src/solver.h
@ -1,26 +1,24 @@
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/*
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||||
* Copyright (C) NHR@FAU, University Erlangen-Nuremberg.
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/* Copyright (C) NHR@FAU, University Erlangen-Nuremberg.
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||||
* All rights reserved. This file is part of nusif-solver.
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||||
* Use of this source code is governed by a MIT style
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||||
* license that can be found in the LICENSE file.
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*/
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||||
* license that can be found in the LICENSE file. */
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#ifndef __SOLVER_H_
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#define __SOLVER_H_
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||||
#include "comm.h"
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||||
#include "mpi.h"
|
||||
#include "matrix.h"
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||||
#include "parameter.h"
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||||
#include "util.h"
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typedef struct {
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||||
/* geometry and grid information */
|
||||
/* parameters */
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||||
double eps, omega;
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||||
int itermax;
|
||||
int levels, presmooth, postsmooth;
|
||||
double **r, **e;
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||||
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||||
/* communication */
|
||||
Comm* comm;
|
||||
} Solver;
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||||
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||||
void initSolver(Solver*, Parameter*);
|
||||
double solve(Solver*, double*, double*);
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||||
#endif
|
||||
void spMVM(Matrix* m, CG_FLOAT* x, CG_FLOAT* y);
|
||||
#endif // __SOLVER_H_
|
||||
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